Obra Social Caja Madrid tiene entre sus líneas prioritarias de atención el apoyo y promoción de proyectos de investigación destinados a profundizar en determidos problemas y realidades sociales. Obra Social Caja Madrid colabora con instituciones como la FAD (Fundación de Ayuda contra la Drogadicción), la Fundación López Hidalgo o la Confederación Autismo de España.